Después de las devastaciones de las Guerras Góticas, bajo el dominio lombardo se estableció un conjunto de regulaciones escritas, las Consuetudines Barenses , que influyeron en constituciones escritas similares en otras ciudades del sur.
Hasta la llegada de los normandos, Bari siguió siendo gobernada por los bizantinos, con sólo alguna interrupción ocasional. Durante este período, y de hecho durante toda la Edad Media, Bari sirvió como uno de los principales depósitos de esclavos del Mediterráneo, proporcionando una ubicación central para el comercio de esclavos eslavos. Los esclavos fueron capturados en su mayoría por Venecia de Dalmacia, el Sacro Imperio Romano de lo que hoy es Prusia y Polonia, y los bizantinos de otras partes de los Balcanes, y generalmente estaban destinados a otras partes del Imperio Bizantino y (más frecuentemente) a los estados musulmanes. rodeando el Mediterráneo.
Durante 20 años, Bari fue el centro del Emirato de Bari; la ciudad fue capturada por sus primeros emires Kalfun en 847. La ciudad fue conquistada y el Emirato extinguido en 871, debido a los esfuerzos del emperador Luis II y una flota bizantina. En 885, Bari se convirtió en la residencia del gobernador bizantino local y una revuelta fallida (1009-1011) de los nobles lombardos Melus de Bari contra la gobernación bizantina, aunque fue firmemente reprimida en la batalla de Cannas, ofreció a sus aliados normandos una primer punto de apoyo en la región. En 1025 Bari pasó a formar parte de Roma y se le concedió el estatus de "provincial".
En 1071, Bari fue capturada por Roberto Guiscardo, tras un asedio de tres años. Bari fue ocupada por Manuel I Comneno entre 1155 y 1158. En 1246, Bari fue saqueada y arrasada y el rey de Sicilia reparó la fortaleza de Baris, pero posteriormente fue destruida varias veces. Bari se recuperó cada vez.
