Los humanos han habitado Marsella y sus alrededores durante casi 30.000 años: las pinturas rupestres paleolíticas de la cueva submarina de Cosquer, cerca de la cala de Morgiou, se remontan a entre 27.000 y 19.000 a.C.; y excavaciones recientes cerca de la estación de tren han desenterrado viviendas neolíticas de ladrillo de alrededor del año 6000 a.C.
Durante la época romana, la ciudad estaba controlada por un directorio de 15 "primeros" seleccionados entre 600 senadores. Tres de ellos tenían la preeminencia y la esencia del poder ejecutivo. Las leyes de la ciudad, entre otras cosas, prohibían a las mujeres beber vino y permitían, mediante votación de los senadores, ayudar a una persona a suicidarse. Fue durante esta época cuando el cristianismo apareció por primera vez en Marsella, como lo demuestran las catacumbas sobre el puerto y los registros de los mártires romanos. Según la tradición provenzal, María Magdalena evangelizó Marsella con su hermano Lázaro. La diócesis de Marsella se creó en el siglo I (se convirtió en archidiócesis de Marsella en 1948).
Con la decadencia del Imperio Romano, la localidad cayó en manos de los visigodos. Finalmente, los reyes francos lograron tomar la ciudad a mediados del siglo VI. El emperador Carlomagno y la dinastía carolingia otorgaron poder cívico a Marsella, que siguió siendo un importante puerto comercial francés hasta la época medieval. La ciudad recuperó gran parte de su riqueza y poder comercial cuando fue revivida en el siglo X por los condes de Provenza. En 1262, la ciudad se rebeló bajo Bonifaci VI de Castellana y Hugues des Baux, primo de Barral des Baux, contra el gobierno de los angevinos, pero fue sofocada por Carlos I. En 1348, la ciudad sufrió terriblemente la peste bubónica, que continuó atacó de forma intermitente hasta 1361. Como puerto importante, se cree que Marsella fue uno de los primeros lugares de Francia en enfrentarse a la epidemia, y unas 15.000 personas murieron en una ciudad que tenía una población de 25.000 habitantes durante su período de prosperidad económica en el siglo anterior. La suerte de la ciudad decayó aún más cuando fue saqueada y saqueada por los aragoneses en 1423.
Durante la Segunda Guerra Mundial, Marsella fue bombardeada por las fuerzas alemanas e italianas en 1940. La ciudad estuvo ocupada por los alemanes desde noviembre de 1942 hasta agosto de 1944. El 22 de enero de 1943, más de 4.000 judíos fueron capturados en Marsella como parte de la "Acción Tigre". ". Fueron retenidos en campos de detención antes de ser deportados a la Polonia ocupada por la Alemania nazi para ser asesinados. El Puerto Viejo fue bombardeado en 1944 por los aliados para preparar la liberación de Francia. Después de la guerra, gran parte de la ciudad fue reconstruida durante la década de 1950. Los gobiernos de Alemania Oriental, Alemania Occidental e Italia pagaron enormes reparaciones, más intereses compuestos, para compensar a los civiles muertos, heridos o que quedaron sin hogar o indigentes como resultado de la guerra.