L'homme habite Marseille et ses environs depuis près de 30 000 ans : les peintures rupestres paléolithiques de la grotte sous-marine de Cosquer, près de la calanque de Morgiou, datent entre 27 000 et 19 000 avant JC ; et des fouilles récentes près de la gare ont mis au jour des habitations néolithiques en brique datant d'environ 6000 avant JC.
A l'époque romaine, la ville était contrôlée par un directoire de 15 « premiers » sélectionnés parmi 600 sénateurs. Trois d'entre eux avaient la prééminence et l'essence du pouvoir exécutif. Les lois de la ville interdisaient entre autres la consommation de vin aux femmes et permettaient, par un vote des sénateurs, d'aider une personne à se suicider. C'est à cette époque que le christianisme fait son apparition à Marseille, comme en témoignent les catacombes au-dessus du port et les archives des martyrs romains. Selon la tradition provençale, Marie-Madeleine évangélisa Marseille avec son frère Lazare. Le diocèse de Marseille a été créé au Ier siècle (il devient archidiocèse de Marseille en 1948).
Avec le déclin de l’Empire romain, la ville tomba aux mains des Wisigoths. Finalement, les rois francs réussirent à prendre la ville au milieu du VIe siècle. L'empereur Charlemagne et la dynastie carolingienne accordèrent le pouvoir civique à Marseille, qui resta un port de commerce français majeur jusqu'à l'époque médiévale. La ville a retrouvé une grande partie de sa richesse et de sa puissance commerciale lorsqu'elle a été relancée au Xe siècle par les comtes de Provence. En 1262, la ville se révolte sous Bonifaci VI de Castellana et Hugues des Baux, cousin de Barral des Baux, contre la domination angevine mais est réprimée par Charles Ier. En 1348, la ville souffre terriblement de la peste bubonique, qui perdure. frapper par intermittence jusqu'en 1361. En tant que port majeur, on pense que Marseille a été l'un des premiers endroits en France à être confronté à l'épidémie, et quelque 15 000 personnes sont mortes dans une ville qui comptait 25 000 habitants au cours de sa période de prospérité économique au XVIIIe siècle. siècle précédent. La fortune de la ville déclina encore davantage lorsqu'elle fut mise à sac et pillée par les Aragonais en 1423.
Durant la Seconde Guerre mondiale, Marseille est bombardée par les forces allemandes et italiennes en 1940. La ville est occupée par les Allemands de novembre 1942 à août 1944. Le 22 janvier 1943, plus de 4 000 Juifs sont capturés à Marseille dans le cadre de « l'Action Tigre ». ". Ils ont été détenus dans des camps de détention avant d'être déportés vers la Pologne occupée par l'Allemagne nazie pour y être assassinés. Le Vieux-Port a été bombardé en 1944 par les Alliés pour préparer la libération de la France. Après la guerre, une grande partie de la ville a été reconstruite dans les années 1950. Les gouvernements de l’Allemagne de l’Est, de l’Allemagne de l’Ouest et de l’Italie ont payé des réparations massives, plus des intérêts composés, pour indemniser les civils tués, blessés ou laissés sans abri ou sans ressources à cause de la guerre.