Gli esseri umani si sono stabiliti nell'area di Edimburgo almeno dall'età del bronzo, lasciando tracce di primitivi insediamenti in pietra a Holyrood, Craiglockhart Hill e Pentland Hills.
Nel 1492 il re Giacomo IV di Scozia si impegnò a spostare la corte reale da Stirling a Holyrood, facendo di Edimburgo la capitale nazionale. Edimburgo continuò a fiorire economicamente e culturalmente durante il periodo rinascimentale e cento anni dopo fu al centro della Riforma scozzese del XVI secolo e delle Guerre dell'Alleanza.
Nel 1603 il re Giacomo VI di Scozia successe ai troni inglese e irlandese, realizzando la sua ambizione di creare un regno unito sotto la monarchia Stewart. Sebbene mantenne il Parlamento scozzese a Edimburgo, marciò verso Londra per governare dal suo trono lì. Ordinò che ogni edificio pubblico del paese portasse l'emblema della sua famiglia, il leone rosso rampante, e fino ad oggi il nome più comune per un pub in Gran Bretagna è il Leone Rosso.
Nel 1639, le controversie tra i Covenanters presbiteriani e la Chiesa anglicana portarono alle guerre episcopali, preludio alla guerra civile inglese. Durante la terza guerra civile inglese Edimburgo fu presa dalle forze del Commonwealth di Oliver Cromwell prima della sconfitta finale di Carlo II nella battaglia di Worcester.
Nel 19° secolo, Edimburgo, come molte città, si industrializzò, ma non crebbe così velocemente come la seconda città della Scozia, Glasgow, che la sostituì come la città più grande del paese, traendo grandi benefici all'apice dell'Impero britannico.
Edimburgo: l'università
L'Università di Edimburgo, fondata nel 1582, è un centro di insegnamento e ricerca di fama internazionale. Fu la quarta università ad essere fondata in Scozia, rendendola una delle antiche università del Regno Unito. La fondazione dell'Università è attribuita al vescovo Robert Reid della cattedrale di St Magnus, Kirkwall, Orkney, che alla sua morte nel 1558 lasciò i fondi che alla fine fornirono la dotazione dell'Università. L'Università fu fondata con una Carta Reale concessa da Giacomo VI nel 1582, diventando la quarta università scozzese in un'epoca in cui la vicina più popolosa Inghilterra ne aveva solo due.
Ex-alunni famosi:
Ci sono stati molti alunni e docenti di rilievo dell'università, tra cui l'economista Adam Smith, i firmatari della Dichiarazione di indipendenza degli Stati Uniti James Wilson e John Witherspoon, i primi ministri Gordon Brown, Lord Palmerston e Lord John Russell, l'ingegnere Alexander Graham Bell, il naturalista Charles Darwin e il biologo Ian Wilmut, i fisici James Clerk Maxwell, Max Born, Sir David Brewster, Tom Kibble, Peter Guthrie Tait e Peter Higgs, gli scrittori Sir Arthur Conan Doyle, Robert Louis Stevenson, JM Barrie e Sir Walter Scott, l'attore Ian Charleson, i compositori Kenneth Leighton, James MacMillan e il poeta William Wordsworth.
