Burgos wurde 884 n. Chr. als Außenposten dieser wachsenden christlichen Grenze gegründet, als Diego Rodríguez „Porcelos“, Graf von Kastilien, dieses Gebiet mit dem Auftrag regierte, das Wachstum der christlichen Bevölkerung zu fördern; Zu diesem Zweck versammelte er die Bewohner des umliegenden Landes in einem befestigten Dorf. Die Stadt wurde Caput Castellae („Cabeza de Castilla“ oder „Haupt von Kastilien“) genannt. Die Grafschaft (condado) Burgos, die den Königen von León unterstand, wurde weiterhin von Grafen regiert und schrittweise erweitert; Einer dieser Grafen, Fernán González, begründete seine Unabhängigkeit.
Im 11. Jahrhundert wurde die Stadt Sitz eines katholischen Bischofs und Hauptstadt des Königreichs Kastilien. Burgos war ein wichtiger Zwischenstopp für Pilger auf dem Weg nach Santiago de Compostela und ein Handelszentrum zwischen dem Golf von Biskaya und dem Süden, das eine ungewöhnlich große ausländische Kaufmannsbevölkerung anzog, die Teil der Stadtoligarchie wurde und andere Ausländer ausschloss. Im 13. und 14. Jahrhundert war Burgos ein beliebter Sitz der Könige von León und Kastilien und eine beliebte Grabstätte. Das Consejo oder die städtische Gemeinde von Burgos befand sich fest in den Händen einer oligarchischen Klasse von Caballeros Villanos, den „Bauernrittern“ von Burgos, die den Monarchen ein berittenes Kontingent zur Verfügung stellten: 1255 und 1266 wurden den Bürgern von Burgos königliche Urkunden verliehen besaßen Pferde und konnten sich steuerbefreit bewaffnen, sofern sie weiterhin innerhalb der Stadtmauern lebten. Die Handelsoligarchie trat nach 1250 die Nachfolge des Domkapitels als Hauptkäufer von Land an; Sie führten ihr Handelsgeschäft gemeinsam mit städtischen oder königlichen Funktionen aus und schickten ihre Söhne nach England und Flandern, um Erfahrungen im Überseehandel zu sammeln. Einigen Familien innerhalb der Hermandades oder Bruderschaften wie den Sarracín und Bonifaz gelang es, den Posten des Alcalde oder Bürgermeisters zu monopolisieren; Ein besonderer Hof, der Alcalde del Rey, wurde erstmals 1281 in Burgos erwähnt. Unter der Herrschaft von Alfons auf das wirtschaftliche Wohlergehen des Reiches.
Im Jahrhundert nach der Eroberung von Sevilla (1248) wurde Burgos zu einem Testfeld für die königliche Politik der Machtausweitung gegenüber dem Consejo, unter anderem durch die Förderung des Rechts, vom Consejo beim König Berufung einzulegen. Im Jahr 1285 fügte Sancho IV. dem Consejo ein neues Gremium hinzu, das ihn dominierte: den Jurado, der für die Erhebung von Steuern und die Überwachung öffentlicher Arbeiten zuständig war; Der König behielt sich das Recht vor, seine Mitglieder auszuwählen. Die Stadt erkannte, dass die Gefahr für ihre Autonomie eher von einer unkontrollierten Aristokratie während der königlichen Minderheiten ausging: Burgos schloss sich 1295 und 1315 den hermandades von Städten an, die sich zum gegenseitigen Schutz zusammenschlossen Linderung gegen Gewaltausbrüche durch die große ausgegrenzte Klasse kleinerer Kaufleute und Handwerker, auf denen die Steuerlast lastete. Der Alguacil war der königliche Beamte, der eingesetzt wurde, um Meinungsverschiedenheiten zu beurteilen.
Am 9. Juni 1345 setzte Alfons XI. die Stadtregierung außer Kraft und errichtete durch das Regimiento von sechzehn ernannten Männern die direkte königliche Herrschaft über Burgos.
Im Jahr 1574 ernannte Papst Gregor XIII. seinen Bischof auf Wunsch von König Philipp II. zum Erzbischof.
Burgos war Schauplatz vieler Kriege: mit den Mauren, den Kämpfen zwischen León und Navarra sowie zwischen Kastilien und Aragon. Im Halbinselkrieg gegen das napoleonische Frankreich war die Belagerung von Burgos (vom 19. September bis 21. Oktober) Schauplatz des Rückzugs des Herzogs von Wellington. Auch in den Carlisten-Bürgerkriegen des 19. Jahrhunderts um die spanische Erbfolge war Burgos Schauplatz einer Schlacht. Während des Spanischen Bürgerkriegs war Burgos der Stützpunkt der nationalistischen Rebellenregierung von General Franco.
