Bien que Cambridge ait probablement existé à l'époque romaine et soit devenue une ville marchande normande (le nom de la ville a muté de Grentabrige ou Cantebrigge (Grantbridge), son université en a fait ce qu'elle est aujourd'hui.
L'université fut fondée en 1209 par un groupe d'étudiants d'Oxford qui s'installèrent dans la ville pour fuir la violence qui régnait à l'époque à Oxford. Mais même à cette époque, l'université connaissait des problèmes de discipline (!). Les étudiants n'appartenaient à aucun organisme particulier, n'étaient responsables devant personne et allaient et venaient de manière irrégulière. En 1231, les étudiants de Cambridge étaient en nombre suffisant et apparemment si indisciplinés qu'Henri III émit un certain nombre d'ordonnances pour punir les désordres.
Ce sont les solutions à ces problèmes de discipline, imaginées par Hugh de Balsham, évêque d'Ely de 1257 à 1286, qui allaient donner naissance au système universitaire actuel. Il plaça les élèves (aujourd'hui connus sous le nom de « savants de l'évêque d'Ely ») dans deux maisons à côté de l'église Saint-Pierre, sur Trumpington Road. Cette maison devint connue sous le nom de « Maison Saint-Pierre » et ainsi, petit à petit, le système universitaire commença à évoluer, et Peterhouse, le premier collège de Cambridge, naquit.
En 1318, l'université fut officiellement baptisée par une bulle papale du pape Jean XXII. D'autres collèges suivirent peu après : le Trinity College (initialement appelé Michaelhouse) fut fondé en 1324 par le chancelier de l'Échiquier de l'époque, Hervey de Stanton, et le Clare College, initialement appelé University Hall, fut le suivant en 1326. Le Pembroke College fut fondé en 1347 par l'épouse du comte de Pembroke et l'année suivante, Edward Gonville fonda son propre collège qui devint connu sous le nom de Gonville Hall : il fut ensuite refondé par le Dr John Caius en 1557 pour nous donner Gonville et Caius.
La plupart des collèges furent fondés par des personnes fortunées issues de l'Église, du gouvernement ou de propriétaires terriens. Corpus Christi , fondé en 1352, est inhabituel en ce sens qu'il est le seul collège qui soit issu directement de membres de la ville. Christopher Marlow, célèbre contemporain de Shakespeare, était étudiant au collège et on peut encore voir ses chambres dans l'ancienne cour.
Le King's College fut fondé au XVe siècle : Henri VI souhaitait qu'il fasse partie d'une double fondation avec Eton et, ce faisant, il semble qu'il ait répété le plan de Guillaume de Wykeham, qui avait fondé Winchester et le New College d'Oxford. Le Queen's College fut fondé par Marguerite d'Anjou, épouse d'Henri VI, et plus tard, l'épouse de Guillaume IV, Elizabeth Woodville, devint cofondatrice (donc Queen's plutôt que Queen's). Il n'est pas surprenant que ce soit décrit comme le premier symbole extérieur de la réconciliation des maisons d'York et de Lancastre.
Le XVe siècle a également apporté deux autres collèges : John Alcock, alors évêque d'Ely, a fondé Jesus en 1469 et Robert Wodelark, un prévôt du Kings College, a fondé St Catharine's en 1473.
Aujourd'hui, avec 31 facultés, l'Université a progressivement grandi en taille, en stature et en influence dans le monde : ses diplômés ont atteint les plus hauts niveaux dans les domaines de la science, de l'Église, du gouvernement et des affaires dans le monde entier.
Quelques anciens élèves et universitaires notables
15 Premiers ministres britanniques, dont Robert Walpole, considéré comme le premier Premier ministre de Grande-Bretagne
Oliver Cromwell - Lord Protecteur d'Angleterre (1653-1658) - Sidney Sussex
Sir Isaac Newton - mathématicien, physicien, astronome, alchimiste, théologien et auteur - Trinity
Charles Darwin - a développé la théorie de la sélection naturelle - Christ
Francis Crick, James Watson, Rosalind Franklin et Maurice Wilkins - ont établi un modèle 3D de l'ADN
Sir Ian Wilmut - a cloné la brebis Dolly en 1996 - Darwin
Sir David Attenborough - naturaliste et présentateur radio - Clare
Stephen Hawking - physicien, cosmologiste et auteur - Trinity Hall
Rowan Williams - ancien archevêque de Canterbury - Madeleine
Sir Ian McKellan - acteur - St Catharine's
Stephen Fry et Hugh Laurie – acteurs – Queen's et Selwyn
Sandi Toksvig – personnalité de la télévision – Newnham
Dame Jocelyn Bell Burnell – L’astrophysicienne qui a découvert les pulsars – Murray Edwards
Mishal Husain – présentateur et animateur – Murray Edwards
Tilda Swinton – actrice – Murray Edwards
Zadie Smith – romancière – King's
Carol Vordemon – présentatrice - Sidney Sussex
Naomie Harris – actrice – Pembroke College
Arianna Huffington – créatrice du Huffington Post – Girton
Baronne Brenda Hale – Présidente de la Cour suprême du Royaume-Uni – Girton