La région de La Rochelle fut occupée dans l'Antiquité par la tribu gauloise des Santons, d’où vient le nom de la région voisine de Saintonge et la ville Saintes.
Les Romains occupèrent ensuite la région, où ils développèrent la production du sel le long de la côte ainsi que la production du vin, qui furent ensuite réexportés dans tout l'Empire. Des Villas romaines furent trouvées à Saint -Éloi et à des Minimes, ainsi que des étangs d'évaporation de sel datant de la même période.
Pendant la guerre de Cent Ans en 1360, suite au traité de Brétigny La Rochelle retourna aux mains des anglais. En Juin 1372, après la bataille navale de La Rochelle entre une flotte castillan-française et une flotte anglaise, les anglais furent expulsés de la Rochelle. Les espagnols avaient 60 navires et les Anglais 40. Ils avaient également plus de chevaliers et d’hommes que les anglais. Les français et les espagnols vainquirent de façon décisive, assurant ainsi le contrôle français de la Manche pour la première fois depuis la bataille de l'Écluse en 1340. La bataille navale de La Rochelle fut l'un des premiers cas de l'utilisation d'armes de poing sur les navires de guerre, qui furent déployées par le français et les espagnols contre les Anglais. Après avoir retrouvé la liberté, La Rochelle refusa l'entrée du Guesclin, jusqu'à ce que Charles V reconnu les privilèges de la ville en Novembre 1372.
En 1864, le port de La Rochelle (la zone du " Bassin à flot " derrière les verrous de l'eau) , fut le site d’ inauguration de plongée du premier sous-marin mécaniquement alimenté dans le monde , commandé par Marie -Joseph- Camille Doré, originaire de la Rochelle.
Pendant la seconde guerre mondiale, l'Allemagne établit une base navale sous-marine à La Pallice (le port principal de La Rochelle).
Une forteresse allemande, La Rochelle fut la dernière ville française à être libérée à la fin de la guerre. Le siège allié de La Rochelle eut lieu entre le 12 Septembre 1944 et le 7 mai 1945 ; la forteresse, comprenant les îles de Ré et d'Oléron, fut détenu par 20.000 soldats allemands sous les commandes du vice-amiral allemand Ernst Schirlitz. Après des négociations par le capitaine de frégate Meyer de la Marine française, et la capitulation allemande le 7 mai, les troupes françaises entrèrent La Rochelle le 8 mai.