Les humains ont habité Marseille et de ses environs pour près de 30.000 ans : des peintures d’art rupestre paléolithiques dans la grotte sous-marines de Cosquer près de la calanque de Morgiou datent d’entre 27.000 et 19.000 avant JC, et les récentes fouilles près de la gare ferroviaire ont déterré des habitations en briques néolithiques d'environ 6000 ans avant JC.
Durant l'époque romaine, la ville était contrôlée par un répertoire de 15 sénateurs sélectionnés «en tête» parmi 600 sénateurs. Trois d'entre eux avaient la prééminence et l'essence du pouvoir exécutif. Les lois de la ville parmi d'autres interdit la consommation du vin par les femmes et permit, par un vote des sénateurs, d’assister une personne désirant se suicider.
C'est durant cette période que le christianisme apparut à Marseille, comme en témoignent les catacombes au-dessus du port et des dossiers de martyrs romains. Selon la tradition provençale, Mary Magdalen évangélisa Marseille avec son frère Lazare. Le diocèse de Marseille fut mis en place au 1er siècle (il devint l'archidiocèse de Marseille en 1948).
Avec le déclin de l'Empire romain, la ville tomba aux mains des Wisigoths. Finalement, les rois francs réussirent à prendre la ville au milieu du 6ème siècle. L’empereur Charlemagne et la dynastie carolingienne accorda le pouvoir civique à Marseille, qui resta un important port de commerce français jusqu'à la période médiévale. La ville retrouva une grande partie de sa richesse et de pouvoir de négociation quand il fut relancé au 10ème siècle par les comtes de Provence. En 1262, la ville se révolta sous Bonifaci VI de Castellana et Hugues des Baux, cousin de Barral des Baux, contre la loi des Angevins mais fut réprimée par Charles I. En 1348, la ville a soufra terriblement de la peste bubonique, qui continua à frapper de façon intermittente jusqu'à en 1361. En tant que port principal, on croit que Marseille fut l'un des premiers endroits en France à avoir contracté l'épidémie, et quelque 15.000 personnes décédèrent dans une ville qui avait une population de 25.000 au cours de sa période de prospérité économique au siècle précédent. Les fortunes de la ville diminuèrent d’avantage quand elle fut saccagée et pillée par les Aragonais en 1423.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, Marseille fut bombardée par les Allemands et les forces italiennes en 1940. La ville fut occupée par les Allemands de Novembre 1942 à Août 1944. Le 22 Janvier 1943 plus de 4.000 Juifs furent arrêtés à Marseille dans le cadre de l’opération "Action du Tigre". Ils furent détenus dans des camps de détention avant d'être déportés en Pologne occupée par l'Allemagne nazie pour être assassinés. Le Vieux-Port fut bombardé en 1944 par les Alliés pour se préparer à la libération de la France. Après la guerre, une grande partie de la ville fut reconstruite dans les années 1950. Les gouvernements de l’Allemagne de l'Est, l’Allemagne de l'Ouest et de l’Italie eurent à payer des sommes massives de réparations, majorées des intérêts composés, afin de compenser les civils tués, blessés ou laissés sans abri ou sans ressources en raison de la guerre.