Perpignan fut fondé au début du 10ème siècle mais a été habité depuis l'époque romaine. Perpignan devint très tôt la capitale des comtes de Roussillon. En 1172 le comte Girard II légua ses terres aux comtes de Barcelone. En 1197 Perpignan acquit les institutions d'une commune partiellement autonome. Les droits féodaux français sur Roussillon furent abandonnés par Louis IX dans le traité de Corbeil (1258).
Lorsque James I, le Conquérant, roi d'Aragon et comte de Barcelone, fonda le royaume de Majorque en 1276, Perpignan devint la capitale des territoires continentaux du nouvel Etat. Les décennies suivantes sont considérées comme l'âge d'or dans l'histoire de la ville. Elle prospéra comme un centre de fabrication de tissu, travail du cuir, d'orfèvrerie et d'artisanat de luxe. Le roi Philippe III de France y mourut en 1285, alors qu'il revint de sa croisade sans succès contre la Couronne d'Aragon.
En 1344, Pierre IV d'Aragon annexa le royaume de Majorque et Perpignan fit une fois de plus partie du comté de Barcelone. Quelques années plus tard, il perdit environ la moitié de sa population à cause de la peste noire. En 1463 Perpignan fut attaqué et occupé par Louis XI de la France ; en 1473 un violent soulèvement contre la domination française fut durement réprimé après un long siège, mais en 1493 Charles VIII de France, qui souhaita concilier Castille afin de se libérer pour pouvoir envahir l'Italie, le rendit à Ferdinand II d'Aragon.
En septembre 1642, encore une fois assiégé et capturé par les Français pendant la guerre des Trente Ans, , Perpignan fut officiellement cédé par l'Espagne 17 ans plus tard dans le traité des Pyrénées, et il est resté entre les mains des Français à ce jour.