Gli esseri umani si sono insediati nella zona di Edimburgo almeno a partire dall'età del bronzo, lasciando tracce di insediamenti primitivi in pietra a Holyrood, Craiglockhart Hill e Pentland Hills.
Nel 1492, il re Giacomo IV di Scozia si impegnò a spostare la corte reale da Stirling a Holyrood, rendendo Edimburgo la capitale nazionale. Edimburgo continuò a prosperare economicamente e culturalmente durante il periodo rinascimentale e fu al centro della Riforma scozzese del XVI secolo e delle Guerre dell'Alleanza cento anni dopo.
Nel 1603, il re Giacomo VI di Scozia salì al trono inglese e irlandese, realizzando la sua ambizione di creare un regno unito sotto la monarchia Stewart. Sebbene avesse mantenuto il Parlamento di Scozia a Edimburgo, marciò su Londra per governare dal suo trono. Ordinò che ogni edificio pubblico del paese dovesse portare l'emblema della sua famiglia, il leone rosso rampante, e fino a oggi il nome più comune per un pub in Gran Bretagna è il Red Lion.
Nel 1639, le dispute tra i Covenanters presbiteriani e la Chiesa anglicana portarono alle guerre dei vescovi, un preludio alla guerra civile inglese. Durante la terza guerra civile inglese, Edimburgo fu presa dalle forze del Commonwealth di Oliver Cromwell prima dell'eventuale sconfitta di Carlo II nella battaglia di Worcester.
Nel XIX secolo, Edimburgo, come molte altre città, si industrializzò, ma non crebbe tanto rapidamente quanto la seconda città della Scozia, Glasgow, che la sostituì come città più grande del paese, traendone grandi vantaggi durante il periodo di massimo splendore dell'Impero britannico.
Edimburgo: l'università
L'Università di Edimburgo, fondata nel 1582, è un centro di fama internazionale per l'insegnamento e la ricerca. Fu la quarta università ad essere fondata in Scozia, il che la rende una delle più antiche università del Regno Unito. La fondazione dell'Università è attribuita al vescovo Robert Reid della cattedrale di St Magnus, Kirkwall, Orkney, che lasciò i fondi alla sua morte nel 1558 che alla fine fornirono la dotazione dell'Università. L'Università fu fondata da una Royal Charter concessa da Giacomo VI nel 1582, diventando la quarta università scozzese in un periodo in cui la vicina Inghilterra, più popolosa, ne aveva solo due.
Ex studenti famosi:
Tra gli ex studenti e docenti dell'università figurano molti illustri, tra cui l'economista Adam Smith, i firmatari della Dichiarazione d'indipendenza degli Stati Uniti James Wilson e John Witherspoon, i primi ministri Gordon Brown, Lord Palmerston e Lord John Russell, l'ingegnere Alexander Graham Bell, il naturalista Charles Darwin e il biologo Ian Wilmut, i fisici James Clerk Maxwell, Max Born, Sir David Brewster, Tom Kibble, Peter Guthrie Tait e Peter Higgs, gli scrittori Sir Arthur Conan Doyle, Robert Louis Stevenson, JM Barrie e Sir Walter Scott, l'attore Ian Charleson, i compositori Kenneth Leighton, James MacMillan e il poeta William Wordsworth.