虽然剑桥可能在罗马时代就已存在，并发展成为诺曼集镇（该镇的名称由 Grentabrige 或 Cantebrigge (Grantbridge) 演变而来），但其大学使其成为今天的样子。
1209 年，一群牛津学者为了逃避当时牛津盛行的暴力而迁入该镇，牛津大学由此成立。但即使在那时，牛津大学也存在纪律问题（！）。学生不属于任何特定团体，不对任何人负责，来去无序。到 1231 年，剑桥大学的学生人数已足够多，而且显然非常不守规矩，亨利三世颁布了许多法令来惩罚扰乱秩序的学生。
1257 年至 1286 年担任伊利主教的休·德·巴尔沙姆 (Hugh de Balsham) 想出了解决这些纪律问题的方法，这为今天的学院制度播下了种子。他把学者（现在被称为“伊利主教的学者”）安置在特兰平顿路圣彼得教堂旁边的两所房子里。这所房子后来被称为“圣彼得之家”，因此学院制度开始逐渐发展，第一所剑桥学院彼得学院就此诞生。
1318 年，教皇约翰二十二世颁布教皇诏书，正式为该大学洗礼。其他学院也紧随其后：三一学院（原名迈克尔学院）由当时的财政大臣赫维·德·斯坦顿于 1324 年创立，克莱尔学院原名大学堂，于 1326 年创立。彭布罗克学院由彭布罗克伯爵的妻子于 1347 年创立，次年，爱德华·冈维尔创立了自己的学院，即冈维尔堂：1557 年，约翰·凯厄斯博士重建了冈维尔与凯厄斯学院。
大多数学院都是由教会、政府或地主的富人创办的。基督圣体学院成立于 1352 年，与众不同之处在于它是唯一一所直接由镇民创办的学院。莎士比亚的著名同代人克里斯托弗·马洛曾是该学院的学生，人们仍然可以在旧庭院里看到他的房间。
国王学院成立于 15 世纪：亨利六世打算将其与伊顿公学合并，有证据表明，他正在重复威廉·威克姆的计划，后者曾创建温彻斯特学院和牛津大学新学院。王后学院由亨利六世的妻子安茹的玛格丽特创建，后来，威廉四世的妻子伊丽莎白·伍德维尔成为联合创始人（因此称为王后学院而非王后学院）。这理所当然地被描述为约克家族和兰开斯特家族和解的第一个外在象征。
十五世纪还出现了另外两所学院：时任伊利主教的约翰·阿尔科克于 1469 年创立了耶稣学院，国王学院教务长罗伯特·沃德拉克于 1473 年创立了圣凯瑟琳学院。
现在，大学拥有 31 所学院，其规模、地位和对世界的影响力逐渐增强：其毕业生已达到世界各地科学、教会、政府和商业领域的最高水平。
一些著名的校友和学者
15 位英国首相，包括被认为是英国第一任首相的罗伯特·沃波尔
奥利弗·克伦威尔 - 英格兰护国公 (1653-58) - 西德尼·萨塞克斯
艾萨克·牛顿爵士 - 数学家、物理学家、天文学家、炼金术士、神学家和作家 - Trinity
查尔斯·达尔文 - 开发了自然选择理论 - 基督的
弗朗西斯·克里克、詹姆斯·沃森、罗莎琳德·富兰克林和莫里斯·威尔金斯——建立了 DNA 的 3D 模型
伊恩·威尔穆特爵士 - 1996 年克隆出多莉羊 - 达尔文
大卫·爱登堡爵士 - 博物学家和广播员 - 克莱尔
史蒂芬·霍金 - 物理学家、宇宙学家和作家 - 三一堂
罗文·威廉姆斯 - 前坎特伯雷大主教 - 抹大拉的玛利亚
伊恩·麦凯伦爵士 - 演员 - 圣凯瑟琳
斯蒂芬·弗莱和休·劳瑞 - 演员 - 皇后剧院和塞尔温剧院
Sandi Toksvig – 电视名人 – Newnham
乔斯琳·贝尔·伯内尔女爵士 - 发现脉冲星的天体物理学家 - 默里·爱德华兹
Mishal Husain – 广播员和主持人 – Murray Edwards
蒂尔达·斯文顿 – 女演员 – 默里·爱德华兹
扎迪·史密斯 – 小说家 – 国王学院
卡罗尔·沃德蒙 – 主持人 – 西德尼·苏塞克斯
娜奥米·哈里斯 - 女演员 - 彭布罗克学院
阿里安娜·赫芬顿 – 赫芬顿邮报创始人 - Girton
布伦达·黑尔男爵夫人 – 英国最高法院院长 – 格顿
