La ciudad fue fundada en el año 25 a. C. por el legado Publius Carisius y la orden de César Augusto, y recibió el nombre de Colonia Iulia Augusta Emerita. La palabra "eméritus" significaba "retirado" en latín y se refería a los soldados que fueron dados de baja del ejército con altos honores. La ciudad fue la capital del príncipe romano de Lusitania y fue entonces cuando comenzó un largo período de prosperidad para la ciudad: el teatro, el anfiteatro, el circo, los templos, los puentes y los acueductos son testimonio de este crecimiento. Hasta la caída del Imperio Romano en Occidente, Mérida fue un importante centro económico, militar y cultural, así como una de las ciudades más exitosas y florecientes de la época. Ausonio lo catalogó en el noveno lugar entre los asentamientos más destacados del imperio, por delante incluso de Atenas.
En épocas posteriores, Mérida sufrió numerosos ataques de los bárbaros hasta el asentamiento de la zona por los suevos, que la convirtieron en capital de su reino en el siglo V. Más tarde, la ciudad fue también la capital del Reino Visigodo y, por tanto, también de España. En el siglo VI el cristianismo había echado raíces firmes. En 1230 las tropas cristianas del rey Alfonso IX de León, reconquistaron Mérida, pero no sería hasta el reinado de los Reyes Católicos cuando la ciudad comenzó a recuperarse políticamente.
Con la reorganización territorial de España, llevada a cabo por Felipe V en 1730, la ciudad fue nombrada capital de la división administrativa Intendencia de Mérida. La invasión francesa provocó la trágica pérdida de gran parte del patrimonio histórico y artístico de Mérida, sin embargo, con el tiempo se recuperaría de estas atrocidades. El desarrollo de la ciudad retomó su rumbo en 1983, cuando fue nombrada capital de la Comunidad Autónoma de Extremadura. Con esta preponderancia política e industrial, la ciudad se convirtió en un punto de interés para arqueólogos y muchas instituciones nacionales, regionales y locales, que se dedican a descubrir toda la riqueza arqueológica que la zona tiene para ofrecer. Por decreto de 1973, en el período previo a las celebraciones de los dos mil años de la ciudad, Mérida fue declarada "Conjunto Histórico-Arqueológico", y es hasta la fecha la única ciudad española en ostentar el título.