La zona de La Rochelle estuvo ocupada en la antigüedad por la tribu gala de los Santones, que dieron su nombre a la cercana región de Saintonge y a la ciudad de Saintes. Posteriormente los romanos ocuparon la zona, donde desarrollaron la producción de sal a lo largo de la costa y la producción de vino, que luego se reexportaba a todo el Imperio. Se han encontrado villas romanas en Saint-Éloi y Les Minimes, así como estanques de evaporación de sal que datan de la misma época.
Durante la Guerra de los Cien Años en 1360, tras el Tratado de Bretigny, La Rochelle pasó a ser inglesa. Sin embargo, La Rochelle expulsó a los ingleses en junio de 1372, tras la batalla naval de La Rochelle, entre una flota castellano-francesa y una inglesa. Los españoles tenían 60 barcos y los ingleses 40. También tenían más caballeros y hombres que los ingleses. Los franceses y españoles derrotaron decisivamente a los ingleses, asegurando el control francés del Canal por primera vez desde la batalla de Sluys en 1340. La batalla naval de La Rochelle fue uno de los primeros casos del uso de pistolas en buques de guerra, que fueron desplegados por los franceses y españoles contra los ingleses.[11] Una vez recuperada la libertad, La Rochelle negó la entrada a Du Guesclin, hasta que Carlos V reconoció los privilegios de la ciudad en noviembre de 1372.
En 1864, el puerto de La Rochelle (zona de la "Bassin à flot", detrás de las esclusas), fue el lugar donde se realizaron los primeros experimentos de inmersión del primer submarino de propulsión mecánica del mundo, el Plongeur, comandado por Marie-Joseph- Camille Doré, natural de La Rochelle. Durante la Segunda Guerra Mundial, Alemania estableció una base naval de submarinos en La Pallice (el puerto principal de La Rochelle). La Rochelle, bastión alemán, fue la última ciudad francesa liberada al final de la guerra. El asedio aliado de La Rochelle tuvo lugar entre el 12 de septiembre de 1944 y el 7 de mayo de 1945; la fortaleza, incluidas las islas de Ré y Oléron, estaba en manos de 20.000 tropas alemanas bajo el mando del vicealmirante alemán Ernst Schirlitz. Tras las negociaciones del capitán de fragata Meyer de la Armada francesa y la capitulación general alemana el 7 de mayo, las tropas francesas entraron en La Rochelle el 8 de mayo.