Das Gebiet von La Rochelle wurde in der Antike vom gallischen Stamm der Santones bewohnt, der der nahegelegenen Region Saintonge und der Stadt Saintes ihren Namen gab. Anschließend besetzten die Römer das Gebiet und entwickelten dort entlang der Küste die Salzproduktion sowie die Weinproduktion, die dann in das ganze Reich reexportiert wurde. In Saint-Éloi und Les Minimes wurden römische Villen sowie Salzverdunstungsteiche aus derselben Zeit gefunden.
Während des Hundertjährigen Krieges im Jahr 1360 wurde La Rochelle nach dem Vertrag von Brétigny englisch. La Rochelle vertrieb die Engländer jedoch im Juni 1372 nach der Seeschlacht von La Rochelle zwischen einer kastilisch-französischen und einer englischen Flotte. Die Spanier hatten 60 Schiffe und die Engländer 40. Sie hatten auch mehr Ritter und Männer als die Engländer. Die Franzosen und Spanier besiegten die Engländer entscheidend und sicherten sich zum ersten Mal seit der Schlacht von Sluys im Jahr 1340 die französische Kontrolle über den Kanal. Die Seeschlacht von La Rochelle war einer der ersten Fälle, in denen Handfeuerwaffen auf Kriegsschiffen eingesetzt wurden von den Franzosen und Spaniern gegen die Engländer.[11] Nachdem La Rochelle die Freiheit wiedererlangt hatte, verweigerte es Du Guesclin die Einreise, bis Karl V. im November 1372 die Privilegien der Stadt anerkannte.
Im Jahr 1864 war der Hafen von La Rochelle (Bereich des „Bassin à flot“ hinter den Wasserschleusen) der Ort für die ersten Tauchexperimente des ersten mechanisch angetriebenen U-Bootes der Welt, Plongeur, unter dem Kommando von Marie-Joseph- Camille Doré, gebürtig aus La Rochelle. Während des Zweiten Weltkriegs errichtete Deutschland in La Pallice (dem Haupthafen von La Rochelle) einen U-Boot-Marinestützpunkt. La Rochelle, eine deutsche Hochburg, war die letzte französische Stadt, die am Ende des Krieges befreit wurde. Die Belagerung von La Rochelle durch die Alliierten fand zwischen dem 12. September 1944 und dem 7. Mai 1945 statt; Die Festung, einschließlich der Inseln Ré und Oléron, wurde von 20.000 deutschen Truppen unter dem deutschen Vizeadmiral Ernst Schirlitz gehalten. Nach Verhandlungen des Fregattenkapitäns Meyer der französischen Marine und der allgemeinen deutschen Kapitulation am 7. Mai marschierten französische Truppen am 8. Mai in La Rochelle ein.