Il territorio di La Rochelle era occupato nell'antichità dalla tribù gallica dei Santones, che diedero il nome alla vicina regione di Saintonge e alla città di Saintes. Successivamente i Romani occuparono la zona, dove svilupparono la produzione del sale lungo la costa e quella del vino, che venne poi riesportato in tutto l'Impero. Sono state rinvenute ville romane a Saint-Éloi e a Les Minimes, nonché vasche di evaporazione del sale risalenti allo stesso periodo.
Durante la Guerra dei Cent'anni nel 1360, in seguito al Trattato di Bretigny La Rochelle divenne inglese. La Rochelle tuttavia espulse gli inglesi nel giugno 1372, in seguito alla battaglia navale di La Rochelle, tra una flotta castigliano-francese e una inglese. Gli spagnoli avevano 60 navi e gli inglesi 40. Avevano anche più cavalieri e uomini degli inglesi. I francesi e gli spagnoli sconfissero definitivamente gli inglesi, assicurando il controllo francese della Manica per la prima volta dalla battaglia di Sluys nel 1340. La battaglia navale di La Rochelle fu uno dei primi casi di utilizzo di pistole sulle navi da guerra, che furono schierate da francesi e spagnoli contro gli inglesi.[11] Riacquistata la libertà, La Rochelle rifiutò l'ingresso a Du Guesclin, finché Carlo V non riconobbe i privilegi della città nel novembre 1372.
Nel 1864, il porto di La Rochelle (zona del "Bassin à flot" dietro le chiuse), fu il luogo dei primi esperimenti di immersione del primo sottomarino a propulsione meccanica del mondo, il Plongeur, comandato da Marie-Joseph- Camille Doré, originaria di La Rochelle. Durante la seconda guerra mondiale, la Germania stabilì una base navale sottomarina a La Pallice (il porto principale di La Rochelle). Roccaforte tedesca, La Rochelle fu l'ultima città francese ad essere liberata alla fine della guerra. L'assedio alleato di La Rochelle ebbe luogo tra il 12 settembre 1944 e il 7 maggio 1945; la roccaforte, comprese le isole di Ré e Oléron, era detenuta da 20.000 soldati tedeschi sotto il vice ammiraglio tedesco Ernst Schirlitz. A seguito dei negoziati del capitano di fregata della marina francese Meyer e della capitolazione generale tedesca del 7 maggio, le truppe francesi entrarono a La Rochelle l'8 maggio.