Perpiñán ha estado habitada desde la época romana, pero fue fundada a principios del siglo X. Pronto Perpiñán se convirtió en la capital de los condes del Rosellón. En 1172 el conde Girard II legó sus tierras a los condes de Barcelona. Perpiñán adquirió las instituciones de una comuna parcialmente autónoma en 1197. Luis IX renunció a los derechos feudales franceses sobre el Rosellón en el Tratado de Corbeil (1258).
Cuando Jaime I, el Conquistador, rey de Aragón y conde de Barcelona, fundó el Reino de Mallorca en 1276, Perpiñán se convirtió en la capital de los territorios continentales del nuevo estado. Las décadas siguientes se consideran la edad de oro de la historia de la ciudad. Prosperó como centro de fabricación de telas, marroquinería, orfebrería y otras artesanías de lujo. Allí murió el rey Felipe III de Francia en 1285, cuando regresaba de su infructuosa cruzada contra la Corona aragonesa.
En 1344 Pedro IV de Aragón anexó el Reino de Mallorca y Perpiñán volvió a formar parte del Condado de Barcelona. Unos años más tarde perdió aproximadamente la mitad de su población a causa de la Peste Negra. Fue atacada y ocupada por Luis XI de Francia en 1463; un violento levantamiento contra el dominio francés en 1473 fue duramente sofocado después de un largo asedio, pero en 1493 Carlos VIII de Francia, deseando conciliar a Castilla para poder invadir Italia, se la devolvió a Fernando II de Aragón.
Nuevamente asediada y capturada por los franceses durante la Guerra de los Treinta Años en septiembre de 1642, Perpiñán fue cedida formalmente por España 17 años después en el Tratado de los Pirineos, y desde entonces siguió siendo una posesión francesa.
