Perpignan est habitée depuis l'époque romaine, mais a été fondée au début du Xe siècle. Bientôt Perpignan devient la capitale des comtes de Roussillon. En 1172, le comte Girard II lègue ses terres aux comtes de Barcelone. Perpignan acquit les institutions d'une commune partiellement autonome en 1197. Les droits féodaux français sur le Roussillon furent abandonnés par Louis IX dans le Traité de Corbeil (1258).
Lorsque Jacques Ier, le Conquérant, roi d'Aragon et comte de Barcelone, fonda le royaume de Majorque en 1276, Perpignan devint la capitale des territoires continentaux du nouvel État. Les décennies suivantes sont considérées comme l’âge d’or de l’histoire de la ville. Elle prospéra en tant que centre de fabrication de tissus, de travail du cuir, d'orfèvrerie et d'autres métiers de luxe. Le roi Philippe III de France y mourut en 1285, alors qu'il revenait de sa croisade infructueuse contre la couronne d'Aragon.
En 1344, Pierre IV d'Aragon annexa le royaume de Majorque et Perpignan redevint une partie du comté de Barcelone. Quelques années plus tard, elle a perdu environ la moitié de sa population à cause de la peste noire. Elle fut attaquée et occupée par Louis XI de France en 1463 ; un violent soulèvement contre la domination française en 1473 fut durement réprimé après un long siège, mais en 1493 Charles VIII de France, souhaitant se concilier la Castille afin de se libérer pour envahir l'Italie, la restitua à Ferdinand II d'Aragon.
De nouveau assiégée et capturée par les Français pendant la guerre de Trente Ans en septembre 1642, Perpignan fut officiellement cédée par l'Espagne 17 ans plus tard dans le Traité des Pyrénées et resta désormais une possession française.
