Perpignan è stata abitata fin dall'epoca romana, ma fu fondata all'inizio del X secolo. Ben presto Perpignan divenne la capitale dei conti di Rossiglione. Nel 1172 il conte Girard II lasciò in eredità le sue terre ai Conti di Barcellona. Perpignan acquisì le istituzioni di un comune parzialmente autonomo nel 1197. I diritti feudali francesi sul Rossiglione furono rinunciati da Luigi IX con il Trattato di Corbeil (1258).
Quando Giacomo I il Conquistatore, re d'Aragona e conte di Barcellona, fondò il Regno di Maiorca nel 1276, Perpignan divenne la capitale dei territori continentali del nuovo stato. I decenni successivi sono considerati il periodo d'oro della storia della città. Prosperò come centro di produzione di tessuti, lavorazione del cuoio, lavori di oreficeria e altri mestieri di lusso. Qui morì nel 1285 il re Filippo III di Francia, di ritorno dalla fallita crociata contro la corona aragonese.
Nel 1344 Pietro IV d'Aragona annesse il Regno di Maiorca e Perpignan tornò a far parte della Contea di Barcellona. Pochi anni dopo perse circa la metà della sua popolazione a causa della peste nera. Fu attaccata e occupata da Luigi XI di Francia nel 1463; una violenta rivolta contro il dominio francese nel 1473 fu duramente repressa dopo un lungo assedio, ma nel 1493 Carlo VIII di Francia, volendo conciliare la Castiglia per liberarsi e invadere l'Italia, la restituì a Ferdinando II d'Aragona.
Nuovamente assediata e catturata dai francesi durante la Guerra dei Trent'anni nel settembre 1642, Perpignan fu formalmente ceduta dalla Spagna 17 anni dopo con il Trattato dei Pirenei, e da allora rimase possedimento francese.