Dopo le devastazioni delle guerre gotiche, sotto il dominio longobardo sono state stabilite un insieme di norme scritte, le Barenses Consuetudines, che hanno influenzato simili costituzioni scritte in altre città del sud.
Fino all'arrivo dei Normanni, Bari ha continuato ad essere governata dai Bizantini, con interruzioni occasionali. Durante tutto quel periodo, e in effetti per tutto il Medioevo, Bari fu uno dei maggiori centri di schiavi del Mediterraneo, favorita salla sua posizione centrale per il commercio di schiavi slavi. Gli schiavi erano per lo più catturati da Venezia e provenivano dalla Dalmazia, dal Sacro Romano Impero, cioè da quella che oggi è la Prussia e la Polonia, dai Bizantini da qualsiasi luogo nei Balcani, ed erano generalmente destinati ad altre parti dell'Impero bizantino e (più frequentemente) gli stati musulmani che circondavano il Mediterraneo.
Per 20 anni, Bari fu il centro dell'Emirato di Bari; la città fu assediata dal suo primo emiri Kalfun nel 847. Nel 871 fu di nuovo conquistata e l’Emirato venne estinto, grazie agli sforzi dell’Imperatore Ludovico II e una flotta bizantina. Nel 885, Bari divenne la residenza del governatore bizantino locale e una rivolta fallita (1009-1011) dei nobili lombardi Melo di Bari contro il governatorato bizantino, offrì ai loro alleati normanni un primo punto d'appoggio nella regione. Nel 1025 Bari fu annessa a Roma e le venne conferito lo status di “provincia”.
Nel 1071, Bari fu conquistata da Roberto il Guiscardo, dopo un assedio di tre anni. Bari venne occupata da Manuele I Comneno tra 1155-1158. Nel 1246, Bari fu saccheggiata e rasa al suolo. Bari si è rialzata ogni volta.