公元前三世纪,汉尼拔在穿越伊比利亚半岛的过程中,征服了古城赫尔曼蒂卡(萨拉曼卡)。传说萨拉曼蒂诺人在没有任何抵抗的情况下放弃了广场,并和平地离开了城市,但妇女们将男人的武器藏在衣服下,然后她们用这些武器围攻了城市内的迦太基人。随着迦太基人的衰落,罗马人巩固了占领,这座城市开始变得具有一定的重要性。 712 年,随着穆斯林入侵半岛,穆萨·伊本·努赛尔 (Musa ibn Nusair) 征服了这座城市。
在中世纪后期,该地区没有正式属于任何人,许多村庄因阿拉伯人的频繁入侵而被摧毁。萨拉曼卡沦为一座不重要且几乎无人居住的城市,但罗马桥却完好无损。 1253年,阿方索十世授予萨拉曼卡大学皇家法令,随后于1255年得到教皇亚历山大四世的批准。该大学最终获得了极高的声望和地位。 1311 年,该镇唯一的卡斯蒂利亚国王在城墙内诞生:正义者阿方索十一世。他十四岁时即位,并指挥卡斯蒂利亚-莱昂民兵征服了直布罗陀。十六世纪是这座城市的鼎盛时期,无论是在人口统计还是在大学生活方面,这都得益于其教授的声誉。独立战争期间,萨拉曼卡于 1809 年被苏尔特元帅的军队占领,并一直处于法国的控制之下,直到 1812 年阿拉皮莱斯战役由威灵顿指挥的盟军获胜。在占领期间,法国人为了获取物资修建了防御工事并摧毁了城市的大部分地区。最糟糕的时期到来了,西班牙费尔南多七世下令关闭所有大学。自重新开放以来,萨拉曼卡大学沦为一所省立大学。
内战期间,即 1936 年 10 月至 1937 年 11 月,主教宫是佛朗哥将军的官邸和中心。战后,萨拉曼卡重点关注了在占领该领土时保卫共和国的叛军夺取的文件。这创建了有关西班牙内战的大型档案档案。该档案馆中属于加泰罗尼亚的部分于 2006 年迁至巴塞罗那。