Burgos fue fundada en el año 884 d.C. como un puesto de avanzada de esta frontera cristiana en expansión, cuando Diego Rodríguez "Porcelos", conde de Castilla, gobernaba este territorio con órdenes de promover el aumento de la población cristiana; Con este fin reunió a los habitantes del país circundante en una aldea fortificada. La ciudad pasó a llamarse Caput Castellae ("Cabeza de Castilla" o "Cabeza de Castilla"). El condado de Burgos, sujeto a los Reyes de León, siguió gobernado por condes y fue ampliándose paulatinamente; uno de estos condes, Fernán González, estableció su independencia.
En el siglo XI, la ciudad se convirtió en sede de un obispo católico y capital del Reino de Castilla. Burgos fue una parada importante para los peregrinos en su camino a Santiago de Compostela y un centro de comercio entre el Golfo de Vizcaya y el sur, que atrajo a una población de comerciantes extranjeros inusualmente grande, que pasó a formar parte de la oligarquía de la ciudad y excluyó a otros extranjeros. A lo largo de los siglos XIII y XIV, Burgos fue la sede favorita de los reyes de León y Castilla y un lugar de enterramiento favorito. El consejo o comuna urbana de Burgos estaba firmemente en manos de una clase oligárquica de caballeros villanos, que proporcionaban a los monarcas un contingente montado: en 1255 y 1266 se concedieron cartas reales a aquellos ciudadanos de Burgos que poseían caballos y podían beneficiarse de la exención de impuestos, siempre que siguieran viviendo dentro de las murallas de la ciudad. La oligarquía mercantil sucedió al cabildo catedralicio como principal comprador de tierras después de 1250; llevaban a cabo sus negocios mercantiles en común con funciones municipales o reales y enviaban a sus hijos a Inglaterra y Flandes para adquirir experiencia en el comercio exterior. Unas pocas familias dentro de las hermandades o cofradías como los Sarracín y Bonifaz lograron monopolizar el cargo de alcalde; Como corte especial, el alcalde del rey fue mencionado por primera vez en Burgos en 1281. Durante el reinado de Alfonso X, la exención de los caballeros no nobles y las corporaciones religiosas, combinada con obsequios exorbitantes y subvenciones a monasterios y particulares, supusieron una gran tensión. sobre el bienestar económico del reino.
En el siglo siguiente a la conquista de Sevilla (1248), Burgos se convirtió en un campo de pruebas para las políticas reales de creciente poder contra el consejo, en parte fomentando el derecho a apelar del consejo al rey. En 1285, Sancho IV añadió un nuevo organismo al consejo que llegó a dominarlo: el jurado encargado de recaudar impuestos y supervisar las obras públicas; el rey se reservó el derecho de seleccionar a sus miembros. La ciudad percibió que el peligro para su autonomía procedía más bien de una aristocracia incontrolada durante las minorías reales: Burgos se unió a las hermandades de ciudades que se unieron para protegerse mutuamente en 1295 y 1315. En el siglo XIV, la intrusión oficial real en los asuntos de la ciudad se percibía como una paliativo contra los estallidos de violencia por parte de la gran clase excluida de pequeños comerciantes y artesanos, sobre quienes recaía la carga fiscal. El alguacil era el funcionario real instituido para juzgar los desacuerdos.
El 9 de junio de 1345, tras dejar de lado el gobierno de la ciudad, Alfonso XI estableció el gobierno real directo de Burgos a través del Regimiento de dieciséis hombres designados.
En 1574, el Papa Gregorio XIII nombró arzobispo a su obispo, a petición del rey Felipe II.
Burgos ha sido escenario de numerosas guerras: con los moros, las luchas entre León y Navarra, y entre Castilla y Aragón. En la Guerra de la Independencia contra la Francia napoleónica, el asedio de Burgos (entre el 19 de septiembre y el 21 de octubre) fue escenario de una retirada del duque de Wellington. Nuevamente en las guerras civiles carlistas de la sucesión española del siglo XIX, Burgos fue escenario de una batalla. Durante la Guerra Civil Española, Burgos fue la base del gobierno nacionalista rebelde del general Franco.
