布尔戈斯建于公元 884 年，是这个不断扩张的基督教边境的前哨基地，当时卡斯蒂利亚伯爵迭戈·罗德里格斯·“波塞洛斯”统治着这片领土，下令促进基督教人口的增长；为了达到这一目的，他将周边国家的居民聚集到一个坚固的村庄里。这座城市开始被称为Caput Castellae（“Cabeza de Castilla”或“卡斯蒂利亚之首”）。布尔戈斯郡（condado）隶属于莱昂国王，继续由伯爵统治，并逐渐扩大；其中一位伯爵费尔南·冈萨雷斯 (Fernán González) 确立了他的独立地位。

11世纪，这座城市成为天主教主教的教区和卡斯蒂利亚王国的首都。布尔戈斯是朝圣者前往圣地亚哥德孔波斯特拉途中的主要停靠站，也是比斯开湾和南部之间的贸易中心，吸引了异常庞大的外国商人人口，他们成为城市寡头政治的一部分，并排斥其他外国人。在整个 13 世纪和 14 世纪，布尔戈斯是莱昂和卡斯蒂利亚国王最喜欢的所在地，也是最受青睐的墓地。布尔戈斯的 consejo 或城市公社牢牢掌握在布尔戈斯的“农民骑士”寡头阶级手中，他们为君主提供了一支骑兵部队：1255 年和 1266 年，皇家特许状授予那些布尔戈斯公民拥有马匹并可以武装自己减免税收，只要他们继续住在城墙内。 1250年后，商人寡头集团继承了大教堂分会，成为土地的主要购买者。他们与市政或皇家职能共同开展商业业务，并将他们的儿子送到英格兰和佛兰德斯以获得海外贸易经验。牧民家族或兄弟会中的一些家族，如萨拉辛家族和博尼法兹家族，成功地垄断了镇长或市长的职位。国王阿尔卡尔德·雷 (alcalde del rey) 是一个特别法庭，于 1281 年在布尔戈斯首次被提及。到了阿方索十世统治时期，对非贵族骑士和宗教团体的豁免，再加上对修道院和个人的过高礼物和赠款，给修道院和私人带来了巨大的压力。关系到该领域的经济福祉。

在征服塞维利亚（1248年）后的一个世纪里，布尔戈斯成为皇家政策的试验场，该政策增加了针对议会的权力，部分原因是鼓励议会向国王上诉的权利。 1285年，桑乔四世在议会中增加了一个新的机构，并逐渐成为议会的主导机构：负责征收税收和监督公共工程的胡拉多；国王保留选择其成员的权利。这座城市认为，对其自治权的威胁来自于王室少数民族期间不受控制的贵族：布尔戈斯加入了1295年和1315年为相互保护而联合起来的城市大军。在14世纪，官方王室对城市事务的干预被视为一种行为。缓和了大批被排除在外的小商人和工匠阶层爆发的暴力行为，这些人的税收负担落在了他们身上。阿尔瓜西尔是为裁决分歧而设立的皇家官员。

1345 年 6 月 9 日，阿方索十一世推翻了市政府，通过由 16 名指定人员组成的军团对布尔戈斯建立了直接的皇家统治。

1574年，应国王菲利普二世的要求，教皇格列高利十三世任命其主教为大主教。

布尔戈斯是许多战争的发生地：与摩尔人的战争、莱昂和纳瓦拉之间的斗争、卡斯蒂利亚和阿拉贡之间的斗争。在对抗拿破仑法国的半岛战争中，布尔戈斯围城战（9月19日至10月21日）是威灵顿公爵撤退的一个场景。在 19 世纪西班牙王位继承的卡洛斯内战中，布尔戈斯再次成为战场。西班牙内战期间，布尔戈斯是佛朗哥将军反叛的国民党政府的基地。