Burgos foi fundada em 884 d.C. como um posto avançado dessa fronteira cristã em expansão, quando Diego Rodríguez "Porcelos", conde de Castela, governou este território com a missão de promover o aumento da população cristã; com esse objetivo, reuniu os habitantes da região circundante em uma vila fortificada. A cidade passou a ser chamada de Caput Castellae ("Cabeça de Castela" ou "Cabeça de Castela"). O condado de Burgos, sujeito aos reis de Leão, continuou a ser governado por condes e foi gradualmente ampliado; um desses condes, Fernán González, estabeleceu sua independência.
No século XI, a cidade tornou-se sede de um bispo católico e capital do Reino de Castela. Burgos era uma importante parada para peregrinos a caminho de Santiago de Compostela e um centro de comércio entre o Golfo da Biscaia e o sul, o que atraiu uma população excepcionalmente grande de comerciantes estrangeiros, que se tornaram parte da oligarquia da cidade e excluíram outros estrangeiros. Ao longo dos séculos XIII e XIV, Burgos foi a sede favorita dos reis de Leão e Castela e um local de sepultamento privilegiado. O consejo ou comuna urbana de Burgos estava firmemente nas mãos de uma classe oligárquica de caballeros villanos, os "cavaleiros camponeses" de Burgos, que forneciam aos monarcas um contingente montado: em 1255 e 1266, cartas régias concederam aos cidadãos de Burgos que possuíam cavalos e podiam se armar isenção de impostos, desde que continuassem a viver dentro das muralhas da cidade. A oligarquia mercantil sucedeu ao capítulo da catedral como principal compradora de terras após 1250; eles conduziam seus negócios mercantis em conjunto com funções municipais ou reais e enviavam seus filhos para a Inglaterra e Flandres para adquirir experiência no comércio ultramarino. Algumas famílias dentro das hermandades ou confrarias, como os Sarracín e os Bonifaz, conseguiram monopolizar o cargo de alcaide; um tribunal especial, o alcaide do rei, foi mencionado pela primeira vez em Burgos em 1281. No reinado de Afonso X, a isenção dos cavaleiros não nobres e das corporações religiosas, combinada com doações e concessões exorbitantes a mosteiros e particulares, colocou grande pressão sobre o bem-estar econômico do reino.
No século seguinte à conquista de Sevilha (1248), Burgos tornou-se um campo de testes para políticas reais de aumento de poder contra o consejo, em parte por encorajar o direito de apelar do consejo ao rei. Em 1285, Sancho IV adicionou um novo corpo ao consejo que veio a dominá-lo: o jurado encarregado de coletar impostos e supervisionar as obras públicas; o rei reservou-se o direito de selecionar seus membros. A cidade percebeu que o perigo para sua autonomia vinha mais de uma aristocracia descontrolada durante as minorias reais: Burgos juntou-se às hermandades de cidades que se uniram para proteção mútua em 1295 e 1315. No século XIV, a intrusão real oficial nos assuntos da cidade era percebida como um paliativo contra surtos de violência pela grande classe excluída de pequenos comerciantes e artesãos, sobre quem recaía o ônus tributário. O alguacil era o funcionário real instituído para julgar desacordos.
Em 9 de junho de 1345, eliminando o governo da cidade, Afonso XI estabeleceu o governo real direto de Burgos por meio do Regimento de dezesseis homens nomeados.
Em 1574, o Papa Gregório XIII fez de seu bispo um arcebispo, a pedido do rei Filipe II.
Burgos foi palco de muitas guerras: com os mouros, as lutas entre Leão e Navarra e entre Castela e Aragão. Na Guerra Peninsular contra a França Napoleônica, o cerco de Burgos (entre 19 de setembro e 21 de outubro) foi palco de uma retirada do Duque de Wellington. Novamente nas guerras civis carlistas da sucessão espanhola do século XIX, Burgos foi palco de uma batalha. Durante a Guerra Civil Espanhola, Burgos foi a base do governo nacionalista rebelde do General Franco.
