Dopo le devastazioni delle Guerre Gotiche, sotto il dominio longobardo venne emanato un insieme di norme scritte, le Consuetudines Barenses , che influenzarono analoghe costituzioni scritte in altre città del sud.
Fino all'arrivo dei Normanni Bari continuò ad essere governata dai Bizantini, con solo sporadiche interruzioni. Durante questo periodo, e in effetti per tutto il Medioevo, Bari fu uno dei maggiori depositi di schiavi del Mediterraneo, fornendo una posizione centrale per il commercio degli schiavi slavi. Gli schiavi furono per lo più catturati da Venezia dalla Dalmazia, dal Sacro Romano Impero da quelle che oggi sono la Prussia e la Polonia, e dai Bizantini da altre parti dei Balcani, ed erano generalmente destinati ad altre parti dell'Impero bizantino e (più frequentemente) agli stati musulmani. che circondano il Mediterraneo.
Per 20 anni Bari è stata il centro dell'Emirato di Bari; la città fu catturata dai suoi primi emiri Kalfun nell'847. La città fu conquistata e l'Emirato si estinse nell'871, grazie agli sforzi dell'imperatore Luigi II e di una flotta bizantina. Nell'885 Bari divenne la residenza del governatore bizantino locale e una rivolta fallita (1009–1011) dei nobili longobardi Melo di Bari, contro il governatorato bizantino, sebbene fosse fermamente repressa nella battaglia di Canne, offrì ai loro alleati normanni un vantaggio primo punto d'appoggio nella regione. Nel 1025 Bari si annesse a Roma e le venne conferito lo status di “provincia”.
Nel 1071 Bari fu conquistata da Roberto il Guiscardo, dopo un assedio di tre anni. Bari fu occupata da Manuele I Comneno tra il 1155 e il 1158. Nel 1246 Bari fu saccheggiata e rasa al suolo e il re di Sicilia riparò la fortezza di Baris che però venne successivamente distrutta più volte. Il Bari ogni volta si riprendeva.
