Après les dévastations des guerres gothiques, sous la domination lombarde, un ensemble de règlements écrits fut établi, les Consuetudines Barenses , qui influencèrent des constitutions écrites similaires dans d'autres villes du sud.
Jusqu'à l'arrivée des Normands, Bari continua d'être gouvernée par les Byzantins, avec seulement des interruptions occasionnelles. Tout au long de cette période, et même tout au long du Moyen Âge, Bari fut l'un des principaux dépôts d'esclaves de la Méditerranée, offrant un lieu central pour le commerce des esclaves slaves. Les esclaves étaient pour la plupart capturés par Venise depuis la Dalmatie, le Saint Empire romain germanique depuis ce qui est aujourd'hui la Prusse et la Pologne, et les Byzantins ailleurs dans les Balkans, et étaient généralement destinés à d'autres parties de l'Empire byzantin et (le plus souvent) aux États musulmans. entourant la Méditerranée.
Pendant 20 ans, Bari fut le centre de l'Émirat de Bari ; la ville fut capturée par ses premiers émirs Kalfun en 847. La ville fut conquise et l'émirat éteint en 871, grâce aux efforts de l'empereur Louis II et d'une flotte byzantine. En 885, Bari devint la résidence du gouverneur byzantin local et une révolte ratée (1009-1011) des nobles lombards Melus de Bari contre le gouvernorat byzantin, bien qu'elle fut fermement réprimée à la bataille de Cannes, offrit à leurs alliés normands une victoire. premier pied dans la région. En 1025, Bari fut rattachée à Rome et obtint le statut de « province ».
En 1071, Bari fut prise par Robert Guiscard, après un siège de trois ans. Bari fut occupée par Manuel Ier Comnène entre 1155 et 1158. En 1246, Bari fut pillée et rasée et le roi de Sicile répara la forteresse de Baris mais elle fut ensuite détruite à plusieurs reprises. Bari s'est rétabli à chaque fois.