Nach den Verwüstungen der Gotenkriege wurde unter der Herrschaft der Langobarden eine Reihe schriftlicher Vorschriften erlassen, die Consuetudines Barenses , die ähnliche schriftliche Verfassungen in anderen südlichen Städten beeinflussten.
Bis zur Ankunft der Normannen wurde Bari mit nur gelegentlichen Unterbrechungen weiterhin von den Byzantinern regiert. Während dieser Zeit und auch im gesamten Mittelalter diente Bari als eines der größten Sklavendepots im Mittelmeerraum und war ein zentraler Ort für den Handel mit slawischen Sklaven. Die Sklaven wurden größtenteils von Venedig aus Dalmatien, dem Heiligen Römischen Reich aus dem heutigen Preußen und Polen und den Byzantinern aus anderen Teilen des Balkans gefangen genommen und waren im Allgemeinen für andere Teile des Byzantinischen Reiches und (am häufigsten) für die muslimischen Staaten bestimmt rund um das Mittelmeer.
Bari war 20 Jahre lang das Zentrum des Emirats Bari; Die Stadt wurde 847 von ihrem ersten Emir Kalfun erobert. Die Stadt wurde 871 dank der Bemühungen von Kaiser Ludwig II. und einer byzantinischen Flotte erobert und das Emirat ausgelöscht. Im Jahr 885 wurde Bari zur Residenz des örtlichen byzantinischen Gouverneurs und ein gescheiterter Aufstand (1009–1011) des lombardischen Adligen Melus von Bari gegen das byzantinische Gouvernement, das in der Schlacht von Cannae zwar entschieden unterdrückt wurde, bot seinen normannischen Verbündeten eine Chance erstes Standbein in der Region. Im Jahr 1025 wurde Bari an Rom angeschlossen und erhielt den Status einer „Provinz“.
Im Jahr 1071 wurde Bari nach dreijähriger Belagerung von Robert Guiscard erobert. Bari wurde zwischen 1155 und 1158 von Manuel I. Komnenos besetzt. Im Jahr 1246 wurde Bari geplündert und dem Erdboden gleichgemacht und der König von Sizilien reparierte die Festung von Baris, die jedoch anschließend mehrmals zerstört wurde. Bari erholte sich jedes Mal.