A região de La Rochelle foi ocupada na antiguidade pela tribo gaulesa dos Santones, que deram nome à região vizinha de Saintonge e à cidade de Saintes. Os romanos então ocuparam a área, onde desenvolveram a produção de sal ao longo da costa, bem como a produção de vinho, que era então reexportado para todo o Império. Vilas romanas foram encontradas em Saint-Éloi e em Les Minimes, bem como lagoas de evaporação de sal que datam do mesmo período.
Durante a Guerra dos Cem Anos, em 1360, após o Tratado de Brétigny, La Rochelle tornou-se inglesa. La Rochelle, no entanto, expulsou os ingleses em junho de 1372, após a Batalha de La Rochelle, entre uma frota castelhano-francesa e uma inglesa. Os espanhóis tinham 60 navios e os ingleses, 40. Eles também tinham mais cavaleiros e soldados do que os ingleses. Os franceses e espanhóis derrotaram decisivamente os ingleses, assegurando o controle francês do Canal da Mancha pela primeira vez desde a Batalha de Sluys, em 1340. A Batalha Naval de La Rochelle foi um dos primeiros casos de uso de armas de fogo em navios de guerra, que foram empregadas pelos franceses e espanhóis contra os ingleses. [11] Tendo recuperado a liberdade, La Rochelle recusou a entrada em Du Guesclin, até que Carlos V reconheceu os privilégios da cidade em novembro de 1372.
Em 1864, o porto de La Rochelle (área do "Bassin à flot", atrás das eclusas) foi o local dos primeiros experimentos de mergulho do primeiro submarino com propulsão mecânica do mundo, o Plongeur, comandado por Marie-Joseph-Camille Doré, natural de La Rochelle. Durante a Segunda Guerra Mundial, a Alemanha estabeleceu uma base naval submarina em La Pallice (o principal porto de La Rochelle). Uma fortaleza alemã, La Rochelle foi a última cidade francesa a ser libertada no final da guerra. O cerco aliado de La Rochelle ocorreu entre 12 de setembro de 1944 e 7 de maio de 1945; a fortaleza, incluindo as ilhas de Ré e Oléron, foi mantida por 20.000 soldados alemães sob o comando do vice-almirante alemão Ernst Schirlitz. Após negociações com o capitão da fragata da Marinha Francesa, Meyer, e a capitulação geral alemã em 7 de maio, as tropas francesas entraram em La Rochelle em 8 de maio.