Perpignan é habitada desde a época romana, mas foi fundada no início do século X. Logo, Perpignan tornou-se a capital dos Condes de Roussillon. Em 1172, o Conde Girard II legou suas terras aos Condes de Barcelona. Perpignan adquiriu as instituições de uma comuna parcialmente autônoma em 1197. Os direitos feudais franceses sobre Roussillon foram cedidos por Luís IX no Tratado de Corbeil (1258).
Quando Jaime I, o Conquistador, rei de Aragão e conde de Barcelona, fundou o Reino de Maiorca em 1276, Perpignan tornou-se a capital dos territórios continentais do novo estado. As décadas seguintes são consideradas a era de ouro da história da cidade. Prosperou como centro de manufatura de tecidos, trabalhos em couro, ourivesaria e outros artesanatos de luxo. O rei Filipe III da França morreu ali em 1285, ao retornar de sua cruzada malsucedida contra a Coroa Aragonesa.
Em 1344, Pedro IV de Aragão anexou o Reino de Maiorca e Perpignan voltou a fazer parte do Condado de Barcelona. Poucos anos depois, perdeu aproximadamente metade de sua população para a Peste Negra. Foi atacada e ocupada por Luís XI da França em 1463; uma violenta revolta contra o domínio francês em 1473 foi duramente reprimida após um longo cerco, mas em 1493 Carlos VIII da França, desejando conciliar Castela a fim de se libertar para invadir a Itália, devolveu-a a Fernando II de Aragão.
Novamente sitiada e capturada pelos franceses durante a Guerra dos Trinta Anos, em setembro de 1642, Perpignan foi formalmente cedida pela Espanha 17 anos depois, no Tratado dos Pireneus, e a partir de então permaneceu uma possessão francesa.