Após as devastações das Guerras Góticas, sob o domínio lombardo, um conjunto de regulamentos escritos foi estabelecido, o Consuetudines Barenses , que influenciou constituições escritas semelhantes em outras cidades do sul.
Até a chegada dos normandos, Bari continuou a ser governada pelos bizantinos, com apenas interrupções ocasionais. Ao longo desse período, e de fato durante toda a Idade Média, Bari serviu como um dos principais entrepostos de escravos do Mediterrâneo, proporcionando um local central para o comércio de escravos eslavos. Os escravos eram capturados principalmente por Veneza na Dalmácia, pelo Sacro Império Romano-Germânico, no que hoje é a Prússia e a Polônia, e pelos bizantinos em outras partes dos Bálcãs, e geralmente eram destinados a outras partes do Império Bizantino e (mais frequentemente) aos estados muçulmanos ao redor do Mediterrâneo.
Por 20 anos, Bari foi o centro do Emirado de Bari; a cidade foi capturada por seu primeiro emir, Kalfun, em 847. A cidade foi conquistada e o Emirado extinto em 871, graças aos esforços do Imperador Luís II e de uma frota bizantina. Em 885, Bari tornou-se a residência do governador bizantino local e uma revolta fracassada (1009-1011) dos nobres lombardos Melus de Bari contra o governo bizantino, embora tenha sido firmemente reprimida na Batalha de Canas, ofereceu aos seus aliados normandos um primeiro ponto de apoio na região. Em 1025, Bari foi anexada a Roma e recebeu o status de "provincial".
Em 1071, Bari foi capturada por Roberto Guiscardo, após um cerco de três anos. Bari foi ocupada por Manuel I Comneno entre 1155 e 1158. Em 1246, Bari foi saqueada e arrasada, e o rei da Sicília restaurou a fortaleza de Baris, mas ela foi posteriormente destruída várias vezes. Bari se recuperou em todas as ocasiões.
