Embora Cambridge possivelmente tenha existido na época romana e tenha se tornado uma cidade mercantil normanda (o nome da cidade foi uma mutação de Grentabrige ou Cantebrigge (Grantbridge), sua universidade a tornou o que é hoje.
A Universidade foi fundada em 1209, quando um grupo de acadêmicos de Oxford se mudou para a cidade para escapar da violência que prevalecia em Oxford na época. Mas mesmo naquela época, a Universidade enfrentava problemas de disciplina (!). Os alunos não pertenciam a nenhuma entidade específica, não eram responsáveis perante ninguém e entravam e saíam de forma irregular. Em 1231, os estudantes de Cambridge eram em número suficiente e aparentemente tão indisciplinados que Henrique III emitiu uma série de mandados para punir os desordeiros.
Foram as soluções para esses problemas disciplinares, idealizadas por Hugh de Balsham, Bispo de Ely de 1257 a 1286, que lançaram as sementes do atual sistema universitário. Ele colocou os acadêmicos (hoje conhecidos como "acadêmicos do Bispo de Ely") em duas casas próximas à Igreja de São Pedro, na Trumpington Road. Esta ficou conhecida como "A Casa de São Pedro" e, assim, gradualmente, o sistema universitário começou a evoluir, dando origem à Peterhouse, a primeira faculdade de Cambridge.
Em 1318, a Universidade foi oficialmente batizada com uma Bula Papal do Papa João XXII. Outras faculdades surgiram logo depois: o Trinity College (originalmente chamado de Michaelhouse) foi fundado em 1324 pelo então Chanceler do Tesouro, Hervey de Stanton, e o Clare College, originalmente chamado de University Hall, foi o próximo em 1326. O Pembroke College foi fundado em 1347 pela esposa do Conde de Pembroke e, no ano seguinte, Edward Gonville fundou sua própria faculdade, que passou a ser conhecida como Gonville Hall: esta foi então refundada pelo Dr. John Caius em 1557, dando origem a Gonville e Caius.
A maioria das faculdades foi fundada por indivíduos ricos da Igreja, do governo ou de proprietários de terras. Corpus Christi , fundada em 1352, é incomum por ser a única faculdade que surgiu diretamente de membros da cidade. Christopher Marlow, famoso contemporâneo de Shakespeare, foi aluno da faculdade e ainda é possível ver seus aposentos no antigo pátio.
O King's College foi fundado no século XV: Henrique VI pretendia que fizesse parte de uma fundação dupla com Eton, e, ao fazer isso, há evidências de que ele estava repetindo o plano de Guilherme de Wykeham, que havia fundado Winchester e o New College, em Oxford. O Queen's College foi fundado por Margarida de Anjou, esposa de Henrique VI, e mais tarde, a esposa de Guilherme IV, Elizabeth Woodville, tornou-se cofundadora (portanto, Queen's em vez de Queen's College). Isso pode ser descrito, naturalmente, como o primeiro símbolo externo da reconciliação das casas de York e Lancaster.
O século XV também trouxe duas outras faculdades: John Alcock, então bispo de Ely, fundou a Jesus em 1469 e Robert Wodelark, reitor do Kings College, fundou a St. Catharine's em 1473.
Atualmente com 31 faculdades, a universidade cresceu gradualmente em tamanho, importância e influência no mundo: seus graduados alcançaram os mais altos níveis nas ciências, na Igreja, no governo e nos negócios em todo o mundo.
Alguns ex-alunos e acadêmicos notáveis
15 primeiros-ministros britânicos, incluindo Robert Walpole, considerado o primeiro primeiro-ministro da Grã-Bretanha
Oliver Cromwell - Lorde Protetor da Inglaterra (1653-58) - Sidney Sussex
Sir Isaac Newton - matemático, físico, astrônomo, alquimista, teólogo e autor - Trinity
Charles Darwin - desenvolveu a teoria da seleção natural - Christ's
Francis Crick, James Watson, Rosalind Franklin e Maurice Wilkins - estabeleceram o modelo 3D do DNA
Sir Ian Wilmut - clonou a ovelha Dolly em 1996 - Darwin
Sir David Attenborough - naturalista e radialista - Clare
Stephen Hawking - físico, cosmologista e autor - Trinity Hall
Rowan Williams - ex-arcebispo de Canterbury - Madalena
Sir Ian McKellan - ator - St. Catharine's
Stephen Fry e Hugh Laurie - atores - Queen's e Selwyn
Sandi Toksvig – personalidade de TV - Newnham
Dame Jocelyn Bell Burnell - Astrofísica que descobriu os pulsares – Murray Edwards
Mishal Husain – locutor e apresentador – Murray Edwards
Tilda Swinton – atriz – Murray Edwards
Zadie Smith – romancista – King's
Carol Vordemon – apresentadora - Sidney Sussex
Naomie Harris - atriz - Pembroke College
Arianna Huffington – criadora do Huffington Post - Girton
Baronesa Brenda Hale – Presidente do Supremo Tribunal do Reino Unido – Girton