A cidade foi fundada em 25 a.C. pelo legado Públio Carísio e por ordem de César Augusto, e recebeu o nome de Colônia Júlia Augusta Emérita. A palavra "emérito" significava "aposentado" em latim e se referia a soldados que eram dispensados do exército com altas honras. A cidade era a capital da província romana da Lusitânia e foi então que começou um longo período de prosperidade para a cidade – o teatro, o anfiteatro, o circo, os templos, as pontes e os aquedutos são todos testemunhos desse crescimento. Até a queda do Império Romano no Ocidente, Mérida foi um importante centro econômico, militar e cultural, bem como uma das cidades mais prósperas e prósperas da época. Ausônio a catalogou em nono lugar entre os assentamentos mais destacados do império, à frente até mesmo de Atenas.
Posteriormente, Mérida sofreu muitos ataques bárbaros até a colonização da área pelos suevos, que a tornaram capital de seu reino no século V. A cidade foi posteriormente também a capital do Reino Visigótico e, portanto, também da Espanha. No século VI, o cristianismo já havia se consolidado. Em 1230, as tropas cristãs do rei Afonso IX de Leão reconquistaram Mérida, mas foi somente durante o reinado dos Reis Católicos que a cidade começou a se recuperar politicamente.
Com a reorganização territorial da Espanha, realizada por Filipe V em 1730, a cidade foi nomeada capital da divisão administrativa Intendencia de Mérida. A invasão francesa levou à trágica perda de grande parte do patrimônio histórico e artístico de Mérida, mas, com o tempo, a cidade se recuperaria dessas atrocidades. O desenvolvimento da cidade foi retomado em 1983, quando foi nomeada capital da Comunidade Autônoma da Extremadura. Com essa preponderância política e industrial, a cidade tornou-se um ponto de interesse para arqueólogos e muitas instituições nacionais, regionais e locais, que se dedicam a descobrir toda a riqueza arqueológica que a região tem a oferecer. Por decreto de 1973, no período que antecedeu as comemorações dos dois mil anos da cidade, Mérida foi declarada "Conjunto Histórico-Arqueológico", sendo até hoje a única cidade espanhola a ostentar o título.