Etter ødeleggelsene av de gotiske krigene, under Lombard-styret ble det etablert et sett med skriftlige forskrifter, Consuetudines Barenses , som påvirket lignende skriftlige konstitusjoner i andre sørlige byer.
Inntil normannernes ankomst fortsatte Bari å bli styrt av bysantinene, med bare sporadiske avbrudd. Gjennom denne perioden, og faktisk gjennom middelalderen, tjente Bari som et av de store slavedepotene i Middelhavet, og ga et sentralt sted for handelen med slaviske slaver. Slavene ble stort sett tatt til fange av Venezia fra Dalmatia, Det hellige romerske rike fra det som nå er Preussen og Polen, og bysantinene fra andre steder på Balkan, og var generelt bestemt til andre deler av det bysantinske riket og (oftest) de muslimske statene rundt Middelhavet.
I 20 år var Bari sentrum av Emiratet Bari; byen ble tatt til fange av sine første emirer Kalfun i 847. Byen ble erobret og Emiratet ble slukket i 871, på grunn av innsatsen til keiser Ludvig II og en bysantinsk flåte. I 885 ble Bari residens for den lokale bysantinske guvernøren og et mislykket opprør (1009–1011) av de langobardiske adelen Melus av Bari, mot det bysantinske guvernementet, selv om det ble hardt undertrykt i slaget ved Cannae, tilbød det deres normanniske allierte en første fotfeste i regionen. I 1025 ble Bari knyttet til Roma og fikk "provinsiell" status.
I 1071 ble Bari tatt til fange av Robert Guiscard, etter en tre år lang beleiring. Bari ble okkupert av Manuel I Komnenos mellom 1155–1158. I 1246 ble Bari plyndret og jevnet med bakken, og kongen av Sicilia reparerte festningen Baris, men den ble deretter ødelagt flere ganger. Bari kom seg hver gang.