Mens Cambridge muligens eksisterte i romertiden, og vokste til en normannisk markedsby (navnet på byen mutert fra Grentabrige eller Cantebrigge (Grantbridge), har universitetet gjort det til det det er i dag.
Universitetet ble dannet i 1209 da en gruppe Oxford-lærde flyttet til byen for å unnslippe volden som var utbredt i Oxford på den tiden. Men selv i disse dager hadde universitetet problemer med disiplin (!). Studenter tilhørte ingen spesiell instans, var ikke ansvarlige overfor noen person og kom og gikk på en uregelmessig måte. I 1231 var Cambridge-studenter tilstrekkelige i antall og tilsynelatende så uregjerlige at Henry III utstedte en rekke stevner for å straffe de uordnede.
Det var løsningene på disse disiplinære problemene, tenkt ut av Hugh de Balsham, biskop av Ely fra 1257 til 1286 som skulle så frøene til dagens høyskolesystem. Han plasserte de lærde (nå kjent som "lærde til biskopen av Ely") i to hus ved siden av Church of St Peter på Trumpington Road. Dette ble kjent som "The House of St Peter" og dermed begynte høyskolesystemet gradvis å utvikle seg, og Peterhouse, det første Cambridge college, ble født.
I 1318 ble universitetet offisielt døpt med en pavelig okse fra pave Johannes XXII. Andre høyskoler fulgte like etter: Trinity college (opprinnelig kalt Michaelhouse) ble grunnlagt i 1324 av datidens finansminister, Hervey de Stanton, og Clare college, opprinnelig kalt University Hall, ble neste gang i 1326. Pembroke college ble grunnlagt i 1347 av kona til jarlen av Pembroke og året etter grunnla Edward Gonville et eget college som ble til kjent som Gonville Hall: dette ble deretter gjenopprettet av Dr John Caius i 1557 for å gi oss Gonville og Caius.
De fleste høyskoler ble grunnlagt av velstående individer fra kirken, regjeringen eller grunneiere. Corpus Christi , grunnlagt i 1352, er uvanlig ved at det er den eneste høyskolen som sprang direkte fra medlemmer av byen. Christopher Marlow, Shakespeares berømte samtidige, var student ved høyskolen og man kan fortsatt se rommene hans i det gamle hoffet.
King's College grunnlagt i det femtende århundre: Henry VI hadde til hensikt at det skulle utgjøre en del av en dobbel stiftelse med Eton, og ved å gjøre dette er det noen bevis på at han gjentok planen til William av Wykeham, som hadde grunnlagt Winchester og New College, Oxford. Queens ble grunnlagt av Margaret av Anjou, kone til Henry VI, og senere ble William IVs kone Elizabeth Woodville en medgründer (dermed Queens i stedet for Queens). Dette har ikke unaturlig blitt beskrevet som det første ytre symbolet på forsoningen av husene i York og Lancaster.
Det femtende århundre brakte også to andre høyskoler: John Alcock, den daværende biskopen av Ely, grunnla Jesus i 1469 og Robert Wodelark, en provost ved Kings College, grunnla St Catharine's i 1473.
Nå med 31 høyskoler har universitetet gradvis vokst i størrelse, status og innflytelse på verden: dets kandidater har nådd de høyeste nivåene innen vitenskap, kirke, myndigheter og næringsliv over hele verden.
Noen bemerkelsesverdige alumner og akademikere
15 britiske statsministre inkludert Robert Walpole, ansett for å være den første statsministeren i Storbritannia
Oliver Cromwell - Lord Protector of England (1653-58) - Sidney Sussex
Sir Isaac Newton - matematiker, fysiker, astronom, alkymist, teolog og forfatter - Trinity
Charles Darwin – utviklet teori om naturlig utvalg – Kristi
Francis Crick, James Watson, Rosalind Franklin og Maurice Wilkins - etablerte 3D-modell av DNA
Sir Ian Wilmut - klonet Dolly the Sheep i 1996 - Darwin
Sir David Attenborough - naturforsker og kringkaster - Clare
Stephen Hawking - fysiker, kosmolog og forfatter - Trinity Hall
Rowan Williams - tidligere erkebiskop av Canterbury - Magdalene
Sir Ian McKellan - skuespiller - St Catharine's
Stephen Fry og Hugh Laurie - skuespillere - Queen's og Selwyn
Sandi Toksvig – TV-personlighet – Newnham
Dame Jocelyn Bell Burnell - Astrofysiker som oppdaget pulsarer - Murray Edwards
Mishal Husain - kringkaster og programleder - Murray Edwards
Tilda Swinton - skuespillerinne - Murray Edwards
Zadie Smith – romanforfatter – King's
Carol Vordemon – programleder – Sidney Sussex
Naomie Harris - skuespillerinne - Pembroke College
Arianna Huffington - skaperen av Huffington Post - Girton
Barones Brenda Hale - president for Høyesterett i Storbritannia - Girton