Burgos ble grunnlagt i 884 AD som en utpost for denne ekspanderende kristne grensen, da Diego Rodríguez "Porcelos", greve av Castilla, styrte dette territoriet med ordre om å fremme økningen av den kristne befolkningen; med dette for øyet samlet han innbyggerne i det omkringliggende landet til én befestet landsby. Byen begynte å bli kalt Caput Castellae ("Cabeza de Castilla" eller "Castilias overhode"). Fylket (condado) Burgos, underlagt kongene av León, fortsatte å bli styrt av grever og ble gradvis utvidet; en av disse grevene, Fernán González, etablerte sin uavhengighet.
På 1000-tallet ble byen seet for en katolsk biskop og hovedstaden i kongeriket Castilla. Burgos var et viktig stoppested for pilegrimer på vei til Santiago de Compostela og et handelssenter mellom Biscayabukta og sør, som tiltrakk seg en uvanlig stor utenlandsk handelsbefolkning, som ble en del av byoligarkiet og ekskluderte andre utlendinger. Gjennom 1200- og 1300-tallet var Burgos et yndet sete for kongene av León og Castilla og et yndet gravsted. Consejo eller bykommunen Burgos var fast i hendene på en oligarkisk klasse av caballeros villanos, "bonderidderne" av Burgos, som ga monarkene en montert kontingent: i 1255 og 1266 ble det gitt kongelige charter til de borgere i Burgos som eide hester og kunne bevæpne seg fritak for skatter, forutsatt at de fortsetter å leve innenfor bymurene. Handelsoligarkiet etterfulgte katedralkapitlet som de største kjøperne av land etter 1250; de drev sin merkantile virksomhet i fellesskap med kommunale eller kongelige funksjoner og sendte sønnene sine til England og Flandern for å få erfaring med oversjøisk handel. Noen få familier innenfor hermandadene eller brorskapene som Sarracín og Bonifaz lyktes i å monopolisere stillingen som alcalde, eller ordfører; en spesiell domstol, alcalde del rey ble først nevnt i Burgos i 1281. Under Alfonso Xs regjeringstid ga fritakelsen av ikke-adle riddere og religiøse selskaper, kombinert med ublu gaver og tilskudd til klostre og privatpersoner, stor stress om rikets økonomiske velferd.
I århundret etter erobringen av Sevilla (1248), ble Burgos en prøveplass for kongelig politikk med økende makt mot consejo, delvis ved å oppmuntre retten til å appellere fra consejo til kongen. I 1285 la Sancho IV til et nytt organ til consejoen som kom til å dominere den: juradoen med ansvar for å samle inn skatter og føre tilsyn med offentlige arbeider; kongen forbeholdt seg retten til å velge sine medlemmer. Byen oppfattet at faren for dens autonomi snarere kom fra et ukontrollert aristokrati under kongelige minoriteter: Burgos sluttet seg til hermandadene til byer som slo seg sammen for gjensidig beskyttelse i 1295 og 1315. På 1300-tallet ble offisiell kongelig inntrenging i bysaker oppfattet som en lindrende mot voldsutbrudd fra den store ekskluderte klassen av mindre kjøpmenn og håndverkere, som skattetrykket falt på. Alguacilen var den kongelige tjenestemannen som ble innstiftet for å dømme uenigheter.
Den 9. juni 1345, ved å feie byregjeringen til side, etablerte Alfonso XI direkte kongelig styre av Burgos gjennom Regimiento av seksten utnevnte menn.
I 1574 gjorde pave Gregor XIII sin biskop til erkebiskop, etter anmodning fra kong Filip II.
Burgos har vært åsted for mange kriger: med maurerne, kampene mellom León og Navarre, og mellom Castilla og Aragon. I halvøykrigen mot Napoleon-Frankrike var beleiringen av Burgos (mellom 19. september og 21. oktober) en scene for en tilbaketrekning for hertugen av Wellington. Igjen i 1800-tallets borgerkriger i den spanske arven var Burgos åsted for et slag. Under den spanske borgerkrigen var Burgos base for general Francos opprørske nasjonalistiske regjering.
